Kvalitetno čišćenje je prvi korak u svim zoohigijenskim programima modernih svinjarskih sistema u svrhu redukcije i transfera bolesti i održavanja proizvodnje na visokom nivou. Procedura čišćenja, iako jednostavna radna operacija je jako bitan faktor zoohigijene na farmi. Glavni cilj čišćenja je uklanjanje najvećeg dela kontaminiranog materijala – uklanja se sva prljavština, prostirka, velike količine fecesa, ostaci hrane i bilo koji drugi organski materijal. Za ovu radnu operaciju uglavnom se koristi razne lopate, strugači i metle te prevrtanje hranilica. Uklanjanjem velike količine organske materije ovim putem (mehaničko čišćenje), smanjuje se potrebna količina vode za pranje, a indirektno se smanjuje i raspršivanje prljavštine koja je ostala kod pranja visokotlačnim strojem.

Sanitarnim pranjem se uklanja 99% mikroorganizama , a najefikasnije je pranje vrućom vodom pod visokim pritiskom . Kako bi pranje bilo još bolje preporuka je da se korite različiti deterdženti u obliku
pene. Deterdženti smanjuju površinski napon i uklanjaju zrnate čestice sa površine koja se pere, a dele se na kisele, bazne/lužnate i neutralne. Ubrzavaju proces pranja, smanjuju potrošnju vode i pomažu boljem uništavanju patogenih mikroorganizama. Svrha nanošenja deterdženta u obliku pene je da radnik može bolje videti gde je i koliko je deterdženta naneo. Poželjno je da se koriste alkalna sredstva za pranje jer pružaju bolju razgradnju organskih nečistoća kao što su masti i proteini u fecesu svinja.

Kontrola ispravnosti opreme je vrlo bitna i neizostavna radna operacija pre naseljavanje životinja.
Razlog leži pre svega u činjenici da životinje provode duži vremenski period u istom prostoru i stoga je vrlo bitno osigurati im optimalne uslove smeštaja, ali i samu ispravnost postojeće opreme. Ovde treba imati na umu da je detaljnu kontrolu najbolje odraditi kada je sekcija prazna jer se svi potencijalni kvarovi poprave u najkraćem mogućem roku i nastavlja se sa pripremom sekcije.

Dezinfekcija kao sledeći korak u pripremi objekta za naseljavanje životinja može biti uspešna samo ako su prethodna 3 koraka bila profesionalno i detaljno odrađena (Chiristiansen, 2007, Ramirez, 2009,
Waddilove, 20103). Međutim, razina potencijalnih patogena koja ostaje i nakon najboljeg čišćenja predstavlja ozbiljan rizik za zdravlje i produktivnost svinja (Waddilove, 20103). Zbog toga je sada potrebno dezinficirati prostor dezinficijensom širokog spektra delovanja.

Sušenje iako zadnja ne manje bitna karika u lancu pripreme objekta za naseljavanje životinja! Svi
patogeni mikroorganizmi za svoje preživljavanje trebaju vodu, stoga dozvoljavajući površini da se sasvim osuši nakon provedene dezinfekcije osiguravamo uništavanje još većeg broja mikroorganizama. Upravo u prasilištu ova karika lanca je najveći izazov jer je tu najveći pritisak iz proizvodnje i često se radi greška da se krmače uteruju odmah nakon dezinfekcije, a jedan dan sušenja može značajno umanjiti problematiku proizvodnje jer se upravo u tom trenutku možda prekida ciklus prenosa bolesti.